Zodra Cleopatra en haar broer aan de macht komen gaat het heel erg slecht in Egypte, er zijn problemen als hongersnood, economische problemen en de Nijl stroomt vaak over. Omdat ze veel beslissingen neemt zonder overleg met haar broer krijgt ze ruzie met hem. Haar broer organiseert een samenzwering waardoor ze van de troon gestoten wordt. Samen met haar jongere zusjes vlucht ze.

In de tussentijd is er een strijd in Rome tussen Julius Caesar en Gnaeus Pompeius Magnus I. Uiteindelijk wint Julius Caesar en vlucht Gnaeus naar Egypte waar hij onthoofd wordt door Ptolemaeus. Ptolemaeus denkt dat Caesar er blij mee is, maar hij is allesbehalve. Hierdoor komt Egypte makkelijk in Romeinse handen. Na deze gebeurtenis besluit Cleopatra terug te gaan naar Egypte. Cleopatra wordt de minnares van Julius Caesar, en na negen maanden wordt hun zoon Ptolemaeus Caesar geboren. Doordat Caesar zo gecharmeerd is van Cleopatra besluit hij Egypte niet in zijn macht te nemen, maar een oorlog te beginnen tegen het leger van Cleopatra's broertje. Uiteindelijk wint hij dit en komt Cleopatra terug aan de macht met haar andere broertje Ptolemaeus XIV. 

Op een gegeven moment gaan Caesarion en zijn ouders naar Rome, maar dit wordt niet zo gewaardeerd omdat Julius al getrouwd is. Uiteindelijk wordt Julius Caesar in 44 voor Christus vermoord. Omdat Cleopatra bang is om ook vermoord te worden gaat ze terug naar Egypte. Nadat haar broertje overlijdt aan een vergiftiging, komen zij en haar zoon aan de macht.

Na de dood van Caesar vindt er een burgeroorlog plaats in Rome. Ze zet al haar vloten in maar die verliezen uiteindelijk omdat ze ziek wordt. Nou uiteindelijk komt daaruit dat Antonius, die ook meedeed in de burgeroorlog, haar uitnodigt om naar hem toe te komen in Turkije. Ze blijft bij hem in de winter en wordt zwanger van een tweeling: Alexander Helios en Cleopatra Selene II. Vier jaar later komt Antonius naar Alexandrië. Ze krijgen samen nog een zoon en trouwen samen in Egypte. Maar Antonius heeft ook een vrouw in Rome (Octavia), Antonius en zijn Roomse vrouw besluit elkaar te ontmoeten in Athene, maar Cleopatra ziet dat niet zo zitten. Hieruit volgt dat Egypte en Rome oorlog krijgen, maar het leger van Antonius en Cleopatra is niet zo sterk dus ze verliezen. Ze vluchten.